Das Nordseeprogramm arbeitet mit einem umfassenden „Online Monitoring System (OMS)“, welches bereits bei der Antragstellung zum Einsatz kommt. Der Antrag wird also online beim Internationalen Programmsekretariat (JS) eingereicht. Hierfür ist zunächst eine Registrierung im OMS auf der internationalen Website erforderlich. Der Antragsteller wird dann durch das elektronische Antragsformular navigiert, welches auch als Blankodokument ausgedruckt werden kann.

Vor einem Antrag können bereits Projektideen beim JS zur Bewertung eingereicht und auch für die Partnersuche auf der internationalen Website veröffentlicht werden. Das JS nimmt solche Bewertungen von Ideen jedoch grundsätzlich nur bis 4 Wochen vor Öffnung eines offiziellen Calls vor.

Das Nordseeprogramm arbeitet mit einem zweistufigen Antragsverfahren, beginnend in der ersten Stufe mit einer so genannten Expression of Interest. Diese hat einen überschaubaren Umfang und soll eine grobe Beschreibung der Projektidee, des zugrundeliegenden Problems, der Lösungsansätze und der Projektpartnerschaft bieten.  Das internationale Entscheidungsgremium (Steering Committee) berät und entscheidet über diese Anträge der ersten Stufe und lädt erfolgreiche Ideen ein, sich mit einem Vollantrag (Full Application) an der 2. Stufe des Verfahrens zu beteiligen.

Die Full Application muss im nächsten oder spätestens im übernächsten Call eingereicht werden und das Projekt detailliert beschreiben u.a. hinsichtlich der Projektaktivitäten und - Ergebnisse, der Projektpartner und ihrer Rolle sowie des nach Partner, Zeitraum und Kostenart aufgeschlüsselten Budgets.