Jeder Partner in einem Projekt des Interreg Nordseeprogramms muss halb- oder ganzjährlich einen Finanzbericht erstellen und einer unabhängigen Prüfung unterziehen lassen - der so genannten First-Level-Control (FLC). Sofort nach Genehmigung des Projektes muss jeder Partner daher einen eigenen First-Level-Controller auswählen. Hierbei sind die Ausschreibungsvorgaben für die Vergabe an Externe im Interreg Nordseeprogramm zu beachten (s. auch Fact Sheet 11).

Diese Kontrolle dient dazu, nur Ausgaben beim Sekretariat einzureichen, welche gemäß Projektantrag, Programm sowie nationaler und europäischer Regelungen förderfähig sind. Sollten dem Prüfer Ausgaben auffallen, welche nicht in diesem Sinne förderfähig sind, rechnet  er sie aus dem Erstattungsantrag heraus.

Das internationale Programmsekretariat bereitet ein Handbuch zur Durchführung des First-Level-Control Verfahrens vor, welches rechtzeitig zum Beginn der ersten Projekte auf der internationalen Programmwebsite heruntergeladen werden kann und sämtliche wichtigen Informationen zu diesem Thema enthält. Auch ein Fact Sheet zu diesem Thema wird erstellt und in Kürze online gestellt.

Das nationale System der First-Level-Control variiert in den verschiedenen am Nordseeprogramm beteiligten Mitgliedsstaaten. In Deutschland gibt es keine zentrale Stelle, sondern jeder Projektpartner kann sich einen eigenen Prüfer suchen.